En Revelance Blog hacen un interesante análisis de las fortalezas y debilidades de estas dos librerías. Prototype parece ser más consistente, con una biblioteca mejor diseñada en conjunto y que permite realizar una programación de mayor complejidad. Sin conocer en profundidad Prototype y por lo leído en dicho análisis, lo que a priori podría parecer una desventaja de jQuery se ha convertido en su gran fortaleza: jQuery está pensado para hacer las cosas fáciles, lo que lo hace perfecto para gente sin grandes conocimientos de programación. Tan sólo hay que comparar la antigua manera de trabajar con DOM y la facilidad con la que con jQuery se pueden realizar búsquedas de elementos. Si a eso añadimos la posibilidad de utilizar selectores CSS en la búsqueda de elementos; poder realizar operaciones de forma implícita en todos los elementos encontrados y la capacidad de realizar operaciones en cadena, convierte a esta librería en la preferida por diseñadores y desarrolladores web.

Why I still prefer Prototype to jQuery » »