Este es un script, creo que lo saqué de Snipplr, y que ya he utilizado en más de una ocasión. Establece la mismo tamaño para dos columnas, partiendo de la de mayor tamaño de las dos.

function setH() {
    var maxH = Math.max(document.getElementById('content').offsetHeight, document.getElementById('navigation').offsetHeight);
    document.getElementById('content').style.height=maxH+'px';
    document.getElementById('navigation').style.height=maxH+'px';
  }

window.onload=setH;