Yo siempre he optado por publicar los enlaces externos con target="_blank", lo cuál no es muy correcto que digamos, pero siempre existen alternativas más válidas, como la publicada hace unos días o este script permite seleccionar al usuario si desea que los links se abran en ventana nueva o no.

Ver ejemplo en funcionamiento » »

Javascript:

<script language="javascript">
function abrirURL() {
  var links=document.getElementsByTagName("a");
  for (var i=0; i < links.length; i++) {
    
         links[i].onclick=function() {
        for (var i=0; i<=(document.links.length-1); i++) {
          if (document.FormAbrirLinks.VentNueva.checked == true) {
            document.links[i].target = window.open
            window.location.href=window.location.href
          }
          if (document.FormAbrirLinks.VentNueva.checked == false) {
            document.links[i].target != window.open
            window.location.href=window.location.href
          }
        }
     }
  }
}
window.onload=abrirURL;
</script>

HTML

<form name="FormAbrirLinks">
  Abrir links en ventana nueva <input  type="checkbox" name="VentNueva">
</form><br>
<ul>
	<li><a href="http://www.google.es" >Google</a></li>
	<li><a href="http://www.yahoo.es" >Yahoo</a></li>
</ul>