En NetTuts+ han publicado un tutorial bastante interesante que nos ofrece más 20 buenas prácticas a tener en cuenta cuando trabajamos con MySQL. Algunos de los consejos, desarrollados en el artículo original, son optimizar las consultas para "Query Cache"; Evitar SELECT *; Indexar los campos sobre los que vamos a realizar búsquedas; No utilizar ORDER BY RAND(); Utilizar NOT NULL siempre que sea posible; Almacenar las direcciones IP como UNSIGNED INT; Dividir las consultas grandes de DELETE e INSERT; Columnas más pequeñas son más rápidas; Utilizar el motor de almacenamiento adecuado; etc.

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