Este truco es muy sencillo y evita que los ficheros javascript y css sean cacheados por el navegador. Se trata de hacer el nombre de fichero único a través de una variable generada mediante el método time() de php. Por ejemplo:

<link href="CSS/Estilos.css?<?php echo time()?>" rel="stylesheet" type="text/css" />

o

<script type="text/javascript" src="js/funciones.js?<?php echo time(); ?>"></script>